Cụ thể, về việc chuyển đổi hình thức đầu tư Dự án, Thủ tướng Chính phủ đồng ý về nguyên tắc chuyển đổi hình thức đầu tư hạng mục hầm Cổ Mã và đường dẫn từ hình thức hợp đồng BT sang hình thức hợp đồng BOT có sự tham gia vốn đầu tư của Nhà nước.
Về kế hoạch sử dụng vốn trái phiếu Chính phủ, Bộ GTVT và Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả chịu trách nhiệm xác định cụ thể giá trị khối lượng đã thực hiện theo hình thức hợp đồng BT; căn cứ hợp đồng BT đã ký kết, thống nhất với Ngân hàng tài trợ thực hiện thanh toán dứt điểm hợp đồng tín dụng (bao gồm phần vốn vay và lãi đã thực hiện đầu tư xây dựng hầm Cổ Mã và đường dẫn).
Sau khi chi trả mục nêu trên, phần vốn trái phiếu Chính phủ còn dư ưu tiên bố trí cho công tác giải phóng mặt bằng, hỗ trợ tái định cư của toàn bộ Dự án; trên cơ sở tiến độ đầu tư xây dựng của toàn bộ Dự án, Bộ GTVT chủ động và chịu trách nhiệm về việc sắp xếp, bố trí phần vốn trái phiếu Chính phủ còn lại; Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính xử lý cụ thể theo đúng quy định.
Về trạm thu phí hoàn vốn cho Dự án, Thủ tướng Chính phủ đồng ý về nguyên tắc bố trí 7 trạm thu phí hoàn vốn cho Dự án như kiến nghị của Bộ GTVT, ý kiến của Bộ Tài chính và Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố có dự án đi qua. Theo đó, Bộ GTVT chịu trách nhiệm chỉ đạo nhà đầu tư đàm phán cụ thể các khoản vay (bằng hợp đồng tín dụng cụ thể), bảo đảm huy động đủ nguồn vốn thực hiện Dự án theo đúng quy định tại Nghị định số 15/2015/NĐ-CP ngày 14/2/2015 của Chính phủ; đồng thời, chịu trách nhiệm toàn diện về việc rà soát, thẩm định, phê duyệt điều chỉnh Dự án theo thẩm quyền, đúng quy định hiện hành, bảo đảm hiệu quả đầu tư.
Dự án xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả theo hình thức hợp đồng BOT, BT được Bộ Giao thông vận tải và Công ty cổ phần đầu tư Đèo Cả thực hiện từ năm 2012. Đến nay, đã cơ bản hoàn thành hầm Cổ Mã, dự kiến hoàn thành toàn bộ Dự án trong năm 2017.